VOEDSELVEILIGHEID EN NVWA

Onzichtbare ziekmakers ontmaskeren

Beeld: Shutterstock

Een lekke verpakking, een misser in het productieproces of slechte schoonmaak, bacteriën hebben maar weinig nodig om grip te krijgen op ons eten. Onderzoekers van Wageningen University & Research ontrafelen het DNA van de ziekmakers, waardoor besmettingen sneller en effectiever aangepakt kunnen worden.

Menno van der Voort is microbioloog bij Wageningen Food Safety Research (WFSR) en onderzoekt dagelijks met zijn team onzichtbare ziekmakers. Zij testen duizenden voedselmonsters op de aanwezigheid van bacteriën en ontrafelen het DNA van het micro-organisme om te zien om welke soort het gaat en waar en wanneer de besmetting is ontstaan.

Hoe kunnen jullie zien of er bacteriën in een voedselmonster zitten?

“Daarvoor moeten we de bacteriën die aanwezig zijn eerst opkweken. Dat doen we op een agarplaat, een schaaltje met een voedingsbodem waar bacteriën goed op groeien. Dat zorgt ervoor dat er voldoende materiaal van elke aanwezige bacterie ontstaat, een stap waar zo’n vijf tot acht werkdagen overheen gaan. Vervolgens kunnen we met verschillende technieken – en soms zelfs met het blote oog – vaststellen om welke bacterie het gaat. Daarna kunnen we een soort vingerafdruk van de geïsoleerde bacterie nemen. Dat doen we door het DNA-profiel van een bacterie te lezen, oftewel te sequencen. Daardoor kunnen we er nu sneller en veel exacter dan vroeger achter komen waar en wanneer de besmetting plaatsvond, en kunnen er sneller en gerichter maatregelen worden genomen.

Bacteriën hebben maar weinig nodig om grip te krijgen op ons eten. Foto: Erik van der Burgt/Hollandse Hoogte

Hoe gaat dat in zijn werk?

Er zijn veel verschillende soorten bacteriën. Bovendien verandert het DNA van een bepaalde bacteriestam in de loop van enkele maanden door het optreden van mutaties (spontane veranderingen) in het DNA en dat levert weer nieuwe ‘families’ op. Deze ontwikkeling gaat op elke plek anders en hangt samen met omgevingsfactoren. Door het DNA-profiel van bijvoorbeeld een Listeria-stam van onbekende herkomst te vergelijken met de DNA-profielen van alle bekende Listeria-stammen in Nederland, kun je die nieuwe Listeria-stam vaak herleiden tot de bron van besmetting. Nog niet zo lang geleden was er bijvoorbeeld een casus waarbij vleeswaren teruggehaald moesten worden uit de supermarkten vanwege een Listeria-besmetting. Mede uit ons onderzoek bleek dat de bron zat bij de fabrikant die de vleeswaren sneed.

Hebben jullie gegevens van alle bacteriën die in Nederland rondzwerven?

Die informatie is vanwege de omvang nergens beschikbaar. Maar er is informatie over bijvoorbeeld de herkomst van de door WFSR onderzochte monsters bij onze opdrachtgever, de Nederlandse Voedsel- en Warenautorieit (NVWA). Ook vergelijken we onze onderzoeksdata met de gegevens in databanken. Het RIVM beschikt over een databank van Listeria-stammen die bij mensen zijn aangetroffen die (ernstig) ziek zijn geweest. Wij wisselen data uit met het RIVM en zo kunnen de onderzoekers isolaten uit voedsel en humane isolaten (bijvoorbeeld afkomstig van poep of bloed) vergelijken.

De Whole Genome Sequencing data van isolaten gevonden in voedsel en isolaten van humane gevallen worden samen geanalyseerd om clusters van isolaten te detecteren. Wanneer humane- en voedsel isolaten samen clusteren worden mensen mogelijk ziek van het eten van dit voedsel. Deze clusters worden gerapporteerd aan NVWA, die de oorzaak van het cluster probeert te achterhalen. Afbeelding: Menno van der Voort

Jullie trekken bij dit WOT-onderzoek samen op met de NVWA. Hoe zijn de taken verdeeld tussen NVWA en WFSR?

Voedselproducenten onderzoeken zelf continu hun monsters op de aanwezigheid van bacteriën. Zij nemen daarin hun verantwoordelijkheid maar onafhankelijk toezicht op deze controle blijft nodig. De NVWA is vanuit de overheid aangewezen voor deze controlerende taak. Zij bepaalt waar en hoeveel monsters kippenvlees, gehakt etcetera per jaar worden genomen. WFSR verzorgt vervolgens de uitvoering van de testen en werkt aan de ontwikkeling van betere testmethoden. DNA-sequencing doen we nu standaard voor alle Listeria-types en de schadelijke E. coli’s. Soms doen we dit ook voor Salmonella en als nodig voor andere ziekteverwekkers, maar alleen in geval van een uitbraak.

Er zijn Listeria-bacteriën die tot de huisflora van een fabriek behoren en die moeilijk te verwijderen zijn. Foto: Shutterstock

Komt er nog meer informatie uit het sequencen?

Er komt veel informatie uit waarmee we zouden kunnen aansluiten bij het Kennisbasis-onderzoek. Doordat je de precieze DNA vingerafdruk van een isolaat kent kun je niet alleen de bron herleiden, maar ook iets zeggen over de eigenschappen van de bacterie, bijvoorbeeld resistenties tegen bepaalde antibiotica of ontsmettingsmiddelen. Deze kennis is nodig om beter in te kunnen grijpen tijdens de voedselproductie om het ontstaan van een hardnekkige voorkomende (persistente) bacteriestam in een fabriek tegen te gaan. Dat sluit goed aan bij onderzoek van Wageningen Food & Biobased Research naar resistentie en persistentie in de productieomgeving.

Welke ontwikkelingen zie je in de toekomst?

De komende jaren willen we meer verschillende bacteriesoorten onderzoeken en willen we resistentie van bacteriën monitoren middels DNA-sequencing. Verder willen we het complete bacteriemengsel in één keer gaan sequencen in plaats van één geïsoleerde bacteriestam. Zo breng je de hele populatie in beeld en spaar je tijd uit omdat je niet van tevoren een specifieke bacterie hoeft op te kweken. Door breder te kijken, hebben we meer kans om ziekmakers te vinden. Alles bij elkaar geeft dit steeds betere mogelijkheden om al ‘aan de voorkant’ in te grijpen: als we bijvoorbeeld een persistente bacterie aantreffen kan de producent hier wat aan doen, voordat er mensen ziek worden.”

WIE

Menno van der Voort, microbioloog

ONDERZOEK

Detectie van bacteriebesmetting van voedsel met behulp van DNA-sequencing

WOT

Voedselveiligheid, Wageningen Food Safety Research

Deel dit artikel

Lees het volgende artikel

Visserij-onderzoek | De leeftijd van een vis